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DepMap 数据库简介
DepMap 包含的数据类型
数据类型
24Q2 版本详细文件列表
DepMap 在线个化分析和数据探索工具
个化分析
数据探索工具
总结
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DepMap 数据库简介
https://depmap.org/portal/ ( https://depmap.org/portal/ )
DepMap（The Cancer Dependency Map）是一个旨在创建详细癌症细胞依赖图谱的研究项目。它通过整大量的癌症细胞系中的基因敲除实验和基因表达变化实验的数据，帮助研究者更好地理解癌症的机制并发展新的治疗策略。DepMap 数据库提供了丰富的数据分析工具和算法，用于研究基因之间的相互作用和依赖关系，并通过直观的数据可视化工具呈现这些关系。这些数据和工具对于癌症研究和药物开发具有广泛的应用价值，可以帮助研究人员识别关键的癌症相关基因、研究基因调控网络、发现新的治疗靶点等.
目前DepMap 的数据的新版本为 24Q2，本文的介绍也主要是 24Q2 版本。
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DepMap 数据库的特点包括：
数据来源多样：数据来自全球各地的研究机构和实验室，包括 Broad Institute、Sanger Institute 等.
数据类型全面：包含基因敲除实验和基因表达变化实验的数据，以及药物筛选数据.
数据分析工具：提供了丰富的数据分析工具和算法，支持基因网络分析、基因功能注释、基因关联分析等.
数据可视化：提供了直观的数据可视化工具，便于探索和分析数据.
DepMap 数据库的应用领域包括：
主要表现为胃黏膜出现多个疣状、膨大皱襞状或丘疹样隆起，直径5~10mm，顶端可见黏膜缺损或脐样凹陷，中心有糜烂，隆起周围多无红晕，但常伴有大小相仿的红斑，以胃窦部多见，可分为持续型及消失型。在慢胃炎分类中它属于特殊类型胃炎，内镜分型为隆起糜烂型胃炎和扁平糜烂型胃炎。慢胃炎缺乏特异症状，症状的轻重与胃黏膜的病变程度并非一致。大多数患者常无症状或有程度不同的消化不良症状如上腹隐痛、食欲减退、餐后饱胀、反酸等。萎缩胃炎患者可有贫血、消瘦、舌炎、腹泻等，个别患者伴黏膜糜烂者上腹痛较明显，并可有出血。
手机：18632699551（微信同号）暴饮暴食，等于让脾连续加班三天三夜不睡觉。《黄帝内经》早说了：“饮食自倍，肠胃乃伤。”一次吃撑，脾胃就得调动全身资源来消化，久而久之，运化无力，湿气就堆成了“小肚腩”。饥饱不定更惨，脾像个被随意调班的打工人，刚准备开工，你又不吃了；刚歇下，你又塞一堆进来，节律一乱，铝皮保温运化率直线下降。
癌症研究：帮助研究人员理解癌症的生物学机制.
药物开发：评估药物的疗和毒，加速新药的研发进程.
个化治疗：评估不同药物对特定基因突变的敏感，为选择佳的个体化治疗方案提供依据.
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DepMap 包含的数据类型
3.1
数据类型
DepMap 数据库主要包含以下几个大类。
CRISPR Screens
Standard KO Screens (Broad)* 1030
Score (Sanger) 315
RNAi Screens
Marcote 65
Achilles (Broad) 497
Drive (Novaris) 395
Sequencing
WES (Broad)* 839
WES (Sanger) 1027
WGS (Broad)* 559
RNA (Broad)* 1517
Drug Screens
CTD (Broad) 178
Repurposing (Broad) 911
GDSC (Sanger) 966
Proteomics
RPPA (CCLE) 898
MS (CCLE) 375
Methylation
CCLE 843
Other Datasets
miRNA (CCLE) 953
3.2
24Q2 版本详细文件列表
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3.3
24Q2 版本文件的详细介绍
中英版本的Readme文件包含了对于每一个文件的详细介绍，相关的文件内容太长，放在了本期的另外两个文当中，有需要详细查看各种数据介绍的可以查看相应的文章。
中文版本的 Readme 文件
英文原版本的 Readme 文件
4
DepMap 在线个化分析和数据探索工具
4.1
个化分析
DepMap 的个化分析服务网址 DepMap Data Custom Analyses ( https://depmap.org/portal/interactive/custom_analysis )
下面我将从一个小例子开始介绍。
DepMap 个化分析示例
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上图是 DepMap 个化分析的界面。接下来安装按照不同的数字区域进行介绍。
个化分析主要分为两种关联分析和差异分析，关联分析基于Peasrson 相关分析，差异分析应该是基于 T 检验或者 wilcox 检验。两种分析都通过q value来确定显著。
可以使用 DepMap 的数据集或者自己上传数据集（自己上传数据集时，行是 cell line）。这里以经过批次矫正之后的基因表达数据为例。
和 2 类似，但是这个位置可以详细的选择想要研究的基因，化物或者其他。选择好基因之后，可以选择想要分析的数据类型。这里以 TRPV1 基因的拷贝数为例。即：分析不同的 TRPV1 拷贝数和其他基因表达的相关。
这部分可以指定分析的细胞系。选择全部之后点击 Run 按钮。进入以下分析界面。
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上图就是个化分析之后的结果，下面将按照不同的数字标识区域进行介绍。
关联分析的火山图结果，右边的 EMC6 基因的表达和 TRPV1 的拷贝数水平显著正相关。5 是 EMC6 基因表达和 TRPV1 拷贝数散点图（该区域可以通过 3 区域进行选择不同的基因，从而看其他基因和 TRPV1 的散点图）。
关联分析的表格结果。包含基因名称、相关系数、P 值、Q 值和细胞系数量。
是分析的火山图或者表格结果的展示区域。可以进行具体细胞系的选择。
图像的调整区域，可以调整图像类型，坐标轴类型等。4 下面还有额外的区域，可以进行一些额外的操作，具体可以自己探索。
具体的分析结果的展示区域。
4.2
数据探索工具
DepMap 数据探索网址 ( https://depmap.org/portal/data_explorer_2 )
个化分析部分主要是关联分析和差异分析，而数据探索部分则更像是查看某个基因本身的数据分布情况。以下面的分析结果为例。
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图片绘制的选项区域
Plot Type：图片类型，可以选择一维密度图、瀑布图、散点图和相关热图。
其他：根据 Plot Type 的不同，底下会有不同的选项，感兴趣的可以进一步探索。
图片展示区域，可以下载分析的图片，调整颜色等等。
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总结
DepMap 是一个全面而强大的细胞系相关的数据库，并且其本身提供了丰富的在线分析工具，可以方便的进行数据探索。DepMap 的一大特色就是提供了丰富的数据类型：基因表达、拷贝数、突变、蛋白组、基因敲除等等。这些丰富的数据可以提供多种分析和挖掘的角度，对于 DemMap 数据库的利用可以为我们的研究增光添彩。
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